第三点就是马尼拉城河港口的性质，大明是吕宋的宗主国自然是不能出卖吕宋的利益了，大明也要维护吕宋的领土完整，所以马尼拉并非有佛郎机占有，而是佛郎机租借马尼拉，每年白银三十万两或者大明银钱三十万元，鉴于现在吕宋王国政权还没有完全恢复，这笔钱由大明代收。

第四点就是大明保证佛郎机在马尼拉可以自由航行、通商贸易，同时可以给予佛郎机一些在南洋贸易的特权，尤其是有关经济方面的特权，可以首先向佛郎机提供香料等所需的物资。

第五点就是在马尼拉城内，听凭佛郎机人管理，实行佛郎机法律，给予佛郎机在吕宋一定的贸易特权。

对于大明的这个条件，佛郎机人认为虽然苛刻，但是还算是能够接受，大明对于佛郎机在马尼拉的种种限制，其实就是不想让佛郎机在南洋能够威胁到大明的地位，对于佛郎机来说，只要能够保住马尼拉的贸易港口，凭借佛郎机对于海上商道的控制和南洋的香料等物资，佛郎机还是能够获取丰厚的利润。